Kent Nagano a grandi à Morro Bay, en Californie.

Il a fait ses études à l’Université de Californie à Santa Cruz, puis à San Francisco State University.

De 1988 à 1998, il a été le directeur musical de l’Opéra national de Lyon.

En 2006, il est nommé directeur musical de l’Orchestre symphonique de Montréal (après en avoir été le conseiller musical), et de l’Opéra de Bavière.

Le 6 septembre 2006, il participa à son premier concert en tant que directeur musical et chef d’orchestre avec l’Orchestre symphonique de Montréal qui a eu lieu à la salle Wilfrid-Pelletier de la Place des Arts (Montréal, Canada).
L’œuvre jouée fut la Neuvième symphonie de Beethoven.

Marié à la pianiste Mari Kodama. Ils ont une fille, Karin Kei Nagano, qui, à l’âge de 8 ans, a déjà remporté trois concours de piano.